El Catálogo de los documentos del Archivo Histórico Municipal de Baeza, que data de 1231-1960, ya se encuentra accesible a todos a través de la página web municipal. El Archivo Histórico Municipal custodia, conserva y describe todos los documentos producidos y recibidos por el Ayuntamiento para su utilización en la gestión administrativa municipal, la información, la cultura y la investigación. Se trata de un trabajo de ordenación, clasificación y catalogación de todos sus fondos históricos realizado por Josefa Inés Montoro que fue directora del Archivo durante 32 años.
El comienzo en el Archivo fue hacer una división por siglos, y dentro de ellos cronológicamente por años y por materias, de manera que se agruparan los privilegios, cartas, mandamientos, cédulas, provisiones, sentencias, ejecutorias, traslados, etc.
El Archivo baezano tuvo su antiguo emplazamiento en el Monasterio de san Francisco, en el solar de san León, donde después se construyó la Universidad, dato que se averiguó por un inventario de los frailes cuando los munícipes sacaban algún documento de él; y posteriormente, cuando el Concejo toma asiento definitivo en la casa de Gil Bayle de Cabrera, en la Plaza de santa María, se traslada a estas Casas Consistoriales a principios del siglo XVI.
Aquí se realiza un armario empotrado con unas puertas de madera talladas, con tres llaves para su máxima protección, una la tenía el Corregidor, otra el Caballero Veinticuatro y otra el Archivero y en su defecto el Secretario de la institución, donde se guardaban los Privilegios de la ciudad y los Padrones de los hijosdalgos. Es el denominado “armario de las tres llaves” que hoy se custodia en el Museo de la ciudad. Está formado por dos puertas, cada una de ellas con cuatro cartelas que representan las virtudes, divididas por otra con el escudo de Baeza. Tiene una coronación, probablemente posterior que en forma triangular representa a san Miguel con infieles a sus pies.
